仁濟醫院第二中學除了根據《香港學校表現指標》進行自我評估外，更透過引入及參考校外評審機制，促進校務發展，提升教學質素。本校於 2001年榮獲「優質教育基金 - 傑出學校獎勵計劃 (優異獎)」，其後憑著全體員生的努力，繼續在不同領域獲取多項評審認證：
管理與組織
傑出企業社會責任 ─ 第一屆、第二屆學校社會責任獎 (2018、2019)
香港環保卓越計劃 ─ 學校界別卓越金獎 (2010、2017)
可持續發展學校獎勵計劃 ─ 銀獎 (2004)、金獎 (2008)
綠色學校獎勵計劃 ─ 亞軍 (2004)、金獎 (2016、2019)
綠化校園工程獎 ─ 亞軍 (2020)
學與教
教育局、南聯教育基金 ─ 品德教育傑出教學獎 (2021)
教育局 ─ 行政長官卓越教學嘉許狀 (2013)
香港考試及評核局 ─ 優質評核管理認證 (2010-13、2013-16、2016-19、2019-22)
香港藝術發展局 ─ 藝術教育獎 (2007)
校風及學生支援
關愛校園獎勵計劃 —「推動生涯規劃」優異獎(2019)
健康學校獎勵計劃 ─ 金獎 (2006、2016)
優質教育基金 ─ 傑出學校獎勵計劃(學生表現) 優異獎 (2001)
傑出學校獎勵計劃 優異獎
優質教育基金因而設立「傑出學校獎勵計劃」，旨於回應《教育統籌委員會第七號報告書》有關「香港需要培養優質教育文化」的改革建議，透過嚴謹而專業的評審，公開表揚和鼓勵表現卓越的學校，並鼓勵其他學校因應獨特條件追求卓越成就。仁濟醫院第二中學經過嚴謹的評審，榮獲「傑出學校獎勵計劃」優異獎。
行政長官卓越教學嘉許狀
評審委員會指出「(仁濟二中)教師充滿愛心，熱心教學，積極引入並善用校外資源，設計多元化的計劃，培育學生領袖才能，透過一系列有系統的培訓，培養學生正面的價值觀和抗逆力。」
本校教師代表通過「行政長官卓越教學獎」嚴格評審，獲頒「卓越教學嘉許狀」。評審團由學者、教育局代表、教育團體代表、資深校長等組成，評審人員除了與候選人會面外，亦透過訪校、觀課、與家長學生會面等，深入了解學校的教育成果。
學校社會責任獎 (連續兩屆)
仁濟醫院第二中學連續兩屆「學校社會責任獎」。主辦機構從「教育承諾」、「社會承擔」兩個範疇進行評選，本校提交了過去三年發展周期，以全校協作模式推行「生涯規劃教育」、「社會服務學習」、「資優教育」及「特殊學習支援」的成果。
本校秉持多元智能教育理念，多年前已於學生成長範疇確立「全校協作模式」政策。各個學科及行政組別，須透過「資優教育」、「特殊學習支援」、「生涯規劃」、「創新科技」四個核心板塊，協助不同能力及學習需要的學生，建立學術成就，以及探索具價值的發展方向。全體教師早於2015-16學年，同心合力完成「資優教育基礎培訓」，以及近半老師修讀特殊學習支援課程。近兩個學年，本校教師專業發展方向轉向教學研究範疇，委派教員前赴海外先進國家，為本校課程發展探索及注入自我完善的元素。
香港考試及評核局「優質評核認證計劃」
仁濟醫院第二中學連續三屆參加考評局「優質評核認證計劃」。考評局派員到校，直接從「評核管理、培訓及專業發展」（本校評核政策的實施情況）、「教職員考評經驗」（教師在公開考試擔任職務的表現）以及「學校考試行政安排」（各項考試機制的運作）檢討本校的考試制度。本校因表現理想，榮獲考評局發出為期三年「優質評核管理認證」(三屆合共九年)。
香港環境卓越大獎
仁濟醫院第二中學成為首所榮獲「香港環境卓越大獎 (學校 ─ 中學) 金獎」的中學。是項獎勵由環境運動委員會、環境保護署及香港主要商會舉辦，只限「香港綠色學校獎」中獲取冠、亞、季軍或取得綠色學校名銜之中學參加，故參加學校多在環保方面已具有一定成就。無線電視並派出攝製隊訪校，介紹本校各項環保設施。
第二屆香港環保卓越計劃–界別卓越金獎
仁濟醫院第二中學經過三輪校外評審，榮獲「第二屆香港環保卓越計劃–界別卓越金獎」，成為全港首間於是項計劃獲頒金獎殊榮的中學。是次評審根據行業類別 (例如建造業、金融、酒店) 等分組評審，旨於表揚有卓越環保成就的機構。本校多年前已建立環保校園政策，並於英文、地理、通識教育、公民教育等科目融入環保教育。
藝術發展局「香港藝術教育獎」
仁濟醫院第二中學成為全港第一所榮獲「2007香港藝術發展獎 - 藝術教育獎」的中學。「香港藝術發展獎」由香港藝術發展局主辦，旨於表揚在香港文化藝術範疇有傑出成就及貢獻的機構及團體。
